Bayessche Rekonstruktionsalgorithmen für die Niedrigdosis-Computertomographie
Projekt 01FMTHH21
Bayessche Rekonstruktionsalgorithmen für die Niedrigdosis-Computertomographie
Ausgangssituation
Die Anwendung moderner Computertomographie (CT) wird durch zwei Faktoren entscheidend beschränkt: Die individuelle Strahlenexposition und die Aufnahmezeit. Für die Erstellung einer tomographischen Aufnahme werden mehrere (bis zu 800) Röntgenbilder pro Schicht durchgeführt. Daraus resultiert eine Vielzahl von nötigen Röntgenprojektionen und damit eine erhebliche Strahlenbelastung. Aus diesen Einzelprojektionen wird das tomographische Bild mit Hilfe von Algorithmen rekonstruiert. Diese Rekonstruktion stellt eine Näherungslösung dar, dessen Qualität maßgeblich von der Anzahl der Projektionen abhängt. Eine einfache Möglichkeit, die Strahlendosis signifikant zu reduzieren und die benötige Aufnahmezeit zu verkürzen, ist die Verwendung von weniger Projektionen pro Schicht. Der damit einhergehende Qualitätsverlust der Rekonstruktion kann jedoch dazu führen, dass pathologische Strukturen wie bspw. feine Frakturlinien nicht mehr sichtbar sind.
Zielsetzung
Modellbasierte Methoden, die die Tomographie durch iteratives Lösen eines Gleichungssystems berechnen, können zu genaueren Rekonstruktionen führen, haben jedoch einen höheren Rechenaufwand zur Folge. Um die Rechenzeit zu reduzieren, können die Modellparameter auch im Vorfeld auf Basis eines Datensatzes aus Sinogrammen gelernt werden. Dies kann, insbesondere bei Anwendung moderner Convolutional Neural Networks (CNN), dazu führen, dass neue, ungesehene Bilder auf Basis von zuvor gelernten Bildstatistiken erstellt werden. Als Folge werden Bildmerkmale in die Rekonstruktionen eingebettet, die im Sinogramm nicht enthalten sind. Im Rahmen dieses Vorhabens möchten wir daher eine neue Rekonstruktionsmethode erforschen, die die Vorteile modell- und lernbasierter Verfahren kombiniert und dabei Nachteile ausgleicht. In vorherigen Arbeiten wurden am MTEC bereits erfolgreich Bayessche CNNs als neuronale Repräsentation von medizinischen Bildern für die Bildverbesserung angewendet. Es wird vermutet, dass sich diese Verfahren ebenfalls für die tomographische Rekonstruktion eignen und mit weniger Projektionen ein im Vergleich zur klassischen Rückprojektion gleichwertiges Ergebnis liefern. Dies hat automatisch eine Reduktion der Strahlenbelastung zur Folge.

Bild: (Links) Sinogramm aus Röntgenbildern einer CT-Rotation. (Rechts) CT-Rekonstruktionen in Abhängigkeit der Projektionsanzahl. Weniger Projektionen verschlechtern die Bildqualität.
Vorgehensweise
Bei der Anwendung Bayesscher Verfahren werden vor der Betrachtung der Daten Annahmen über die Verteilung der Modellparameter getroffen. Während der Berechnung der Parameter wird überprüft, inwieweit diese von den A-priori-Annahmen abweichen. Dieses Vorgehen verhindert eine Überanpassung an die Daten; ein Problem, das insbesondere bei geringer Datenmenge auftritt. Das fachärztlich-radiologische Expertenwissen am UKE ist für die Bewertung der Rekonstruktionsgüte zwingend erforderlich. Mit Hilfe der Anschubfinanzierung der FMTHH Förderlinie sollen erste Erkenntnisse generiert werden, die für das Einwerben einer Folgeförderung notwendig sind.
Beteiligte
M.Sc. Robin Mieling
Projektleitung, Entwicklung und Evaluation der Methoden
Institut für Medizintechnische und Intelligente Systeme
TUHH
Prof. Dr.-Ing. Alexander Schlaefer
Institut für Medizintechnische und Intelligente Systeme
TUHH
Dr. med Inga Kniep
Projektleitung UKE, Forensische Radiologie
Institut für Rechtsmedizin
UKE
Dr. med Moritz Gerling
Assistenzarzt
Institut für Rechtsmedizin
UKE
PD Dr. med. Axel Heinemann
Institut für Rechtsmedizin
UKE
Prof. Dr. med. Benjamin Ondruschka
Institut für Rechtsmedizin
UKE
Publikationsliste
- Kniep, A. Heinemann, C. Edler, J. Sperhake, K. Püschel, B. Ondruschka und A. Schröder. „COVID-19 lungs in post-mortem computed tomography“. In: Rechtsmedizin 31 (2021), S. 145–147.
- Kniep, M. Lutter, A. Ron, C. Edler, K. Püschel, H. Ittrich, M. Heller und A. Heinemann. „Postmortale Bildgebung der Lunge bei COVID-19-Todesfällen“. In: Der Radiologe 60 (2020), S. 927–933.
- Goebels, C. Edler, A. Fitzek, J. Schädler, A. S. Schröder, I. Kniep und K. Püschel. „Obduktionen bei COVID-19“. In: Der Klinikarzt 49 (2020), S. 404–408.
- M. Neidhardt, S. Gerlach, R. Mieling, M. Laves, T. Weiß, M. Gromniak, A. Fitzek, D. Möbius, I. Kniep, A. Ron, J. Schädler, A. Heinemann, K. Püschel, B. Ondruschka, A. Schlaefer (2022). Robotic Tissue
PEEK- Entwicklung eines Phantoms zur „end-to-end“ Verifikation einer Kleintierbestrahlung
Projekt 03FMTHH21
PEEK- Entwicklung eines Phantoms zur „end-to-end“ Verifikation einer Kleintierbestrahlung
Ausgangssituation
In der präklinischen Strahlenforschung wird auf Tierversuche, vorrangig an Kleintieren, wie Mäusen oder Ratten, zurückgegriffen, damit neue Behandlungskonzepte untersucht und verifiziert werden können, bevor diese in die Klinik umgesetzt werden. Eine präzise Bestrahlung wird mit Hilfe von individuellen Computertomographie (CT)-Bildern geplant, um die Verteilung der Strahlendosis im Tumor sowie im gesunden Gewebe zu berechnen. Als weiteres bildgebendes Verfahren in der präklinischen Forschung bietet die Biolumineszenz (BL)-Bildgebung mehrere Vorteile, vor allem um die Tumorausdehnung zu erfassen, das Ansprechen des Tumors auf die Bestrahlung zu untersuchen, oder die Bildung von Metastasen nachzuweisen, da diese Informationen nur bedingt durch die CT zu gewinnen sind. Ein Bestrahlungsgerät mit integrierter BL-Bildgebung ermöglicht deshalb eine biologische Anpassung des Behandlungskonzepts unmittelbar vor einer Bestrahlung, ohne das Tier weiter zu bewegen oder mit zusätzlichen Untersuchungen zu belasten.
Zielsetzung
Künstliche Modelle, sogenannte Phantome, bieten eine gute Möglichkeit zur Verringerung oder Ersetzung von Tierversuchen, indem diese für die Kalibrierung und Qualifizierung der zunehmend komplexeren Verläufe sowie für die technische Optimierung der Behandlungstechniken eingesetzt werden. Während in den letzten Jahren immer mehr Phantome für die CT-geführte Berechnung und die Messung der Strahlendosis entwickelt worden sind, gibt es noch Bedarf für anatomisch korrekte Modelle, welche eine Verifikation des gesamten Prozesses, von der kombinierten CT-BL-Bildgebung bis zur Bestrahlung, ermöglichen. Daher ist das Ziel des Projekts PEEK die Entwicklung eines Kleintier-Phantoms zur „end-to-end“ Verifizierung einer Kleintierbestrahlung mit integrierter CT- und BL-Bildgebung.

Abbildung 1: Eine Maus mit einem mit Biolumineszenz markierten Tumor wird mit Biolumineszenz-Bildgebung und Computertomographie untersucht. Der Tumor kann in der Computertomographie nur bedingt nachgewiesen werden, sodass eine Bildfusionierung eine präzisere Lokalisierung und Ausdehnung der zu bestrahlenden Region ermöglicht.
Vorgehensweise
Das zu entwickelnde Phantom soll zunächst die Möglichkeit bieten, eine Untersuchung und Kalibrierung an der präklinische Plattform SmART+ der Firma Precision X-Ray so durchzuführen, dass zur präzisen Lokalisierung und Ausdehnung des Tumors und/oder der Metastasen die BL-Bilder mit den CT-Bildern miteinander fusioniert werden können (s. Abbildung 1). Zu diesem Zweck sollen verschiedenen Materialien untersucht werden, welche sowohl bezüglich der Absorption von Röntgenstrahlen als auch der Ausbreitung der BL-Signale biologisches Gewebe nachahmen. Mittels additiver Fertigung und durch Integration von geeigneten Gewebesurrogaten sollen vorhandene Phantom-Prototypen optimiert werden. Des Weiteren sollen Zellen oder ex-vivo Gewebeproben untersucht und integriert werden. Monte Carlo Simulationen sollen zusätzlich die Genauigkeit der Bestimmung der Tumorlokalisation und -Ausdehnung sowie der dafür vorgesehenen Berechnungsalgorithmen untersuchen.
Beteiligte
M.Sc. Marie Wegner
Projektleitung
Institut für Produktentwicklung und Konstruktionstechnik
TUHH
Prof. Dr.-Ing. Dieter Krause
Institut für Produktentwicklung und Konstruktionstechnik
TUHH
Dr. rer. nat. Sabrina Köcher
Projektleitung
Labor für Strahlenbiologie und Experimentelle Radioonkologie
UKE
Dr. Elisabetta Gargioni
Medizinphysikerin
Klinik für Strahlentherapie und Radioonkologie
UKE
Publikationsliste
2021
- S. Latus, J. Sprenger, M. Neidhardt, J. Schadler, A. Ron, A. Fitzek, M. Schlüter, P. Breitfeld, A. Heinemann, K. Püschel, A. Schlaefer (2021). Rupture detection during needle insertion using complex OCT data and CNNs. IEEE Transactions on Biomedical Engineering. 68 (10), 3059-3067.
- M. Neidhardt, S. Gerlach, M.-H. Laves, S. Latus, C. Stapper, M. Gromniak, A. Schlaefer (2021). Collaborative robot assisted smart needle placement. Current Directions in Biomedical Engineering. 7. (2), 472-475
- S. Latus, P. Breitfeld, M. Neidhardt, W. Reip, C. Zöllner, A. Schlaefer (2020). Boundary prediction during epidural punctures based on OCT relative motion analysis. EUR J ANAESTH. 2020 (Volume 37 | e-Supplement 58 | June 2020)
- L. Bargsten, A. Schlaefer (2020). SpeckleGAN: a generative adversarial network with an adaptive speckle layer to augment limited training data for ultrasound image processing. International Journal of Computer Assisted Radiology and Surgery. 15 (9), 1427-1436.
Predicting the influence of the nano-compositional bone architecture via finite element modeling
Projekt 02FMTHH21
Predicting the influence of the nano-compositional bone architecture via finite element modeling
Ausgangssituation
Osteoporosis, the most prevalent bone disorder in the world, is a significant risk factor for fragility fracture in elderly individuals. The bone fracture can result in chronic pain, decreased overall health status, reduced mobility and sometimes loss of independence, and finally has high clinical and economic burden. Human bone is a complex composite material with a hierarchical structure at different length scales, resulting in a unique mix of strength and toughness characterized by its constituents: mineral, collagen, and non-collagenous elements. Many of bone’s strength and toughness mechanisms are tied to the formation and repair of microcracks. High energy loading causes many microcracks in the bone structure, which disperse energy and prevent the formation of a major bone fracture. It is known that the crack propagation behavior of aged or diseased bone differs from that of healthy bone, resulting in a considerable drop in bone fracture toughness. To prevent the cracks from accumulating, bone’s ability to repair damaged tissue (e.g., micro-cracks), known as remodeling, comes into action, resorbing damaged bone and replacing it with new bone. A new osteon is formed as a result of the remodeling process, as well as a thin interface between the new osteons and the surrounding matrix. This interface layer, known as the cement line, is typically 2-5m thick and serves as a preferred site for micro-crack deflection. The remodeling process, which is a fundamental process in bone metabolism, is directed by mechanosensitive osteocytes embedded in the bone matrix. Their voids, known as osteocyte lacunae, indicate a gap in the bone structure. The dimensions and spatial layout of the lacuna differ considerably depending on age and disease. Their appearance in terms of size, form, and distribution can have a direct impact on bone strength and fracture risk, as well as lead to lower energy dissipation capacities, making the bone more fragile. As a result, the osteocyte lacuna arrangement, as well as the cement lines, play an important role in the mechanical properties of cortical bone, including fracture toughness and bone integrity. Changes in cortical bone microstructure may be linked to impaired fracture propagation behavior, resulting in altered bone toughness qualities. However, it is unclear how (age- or disease-related) changes in lacunar and osteonal architecture serve as either potential stress concentrators causing crack initiations or barriers slowing the propagation of micro-cracks. Today, new imaging methods like micro-computed tomography (1µm image resolution) and quantitative backscattered imaging allow for the quantification of bone structures and composition, allowing for the computational simulation of crack mechanisms. Notably, due to the challenges in experimental work, computational analysis such as the Finite Element Method (FEM) are powerful tools for studying bone fracture mechanisms and can be efficiently used to model competing toughening mechanisms and study microstructural effects on bone fracture properties.
Zielsetzung
The main goal of the proposed work is to develop a computational approach to model the crack initiation and propagation in cortical bone respecting cement line and osteon structure as well as osteocyte density and shape. Therefore, the disease- and age-related changes in the structural characteristics of the bone matrix including the osteocyte lacuna distribution and Haversian canal size and shape will be determined using micro computed tomography. Then, the analysis of the micro-crack initiation and propagation in the bone microstructure in presence of osteocyte lacunae and Haversian canals will be performed to assess the fracture toughness of the cortical bone. It is worth noting that during the analysis, the image segmentation due to precisely diagnosing the borders of cement lines around the osteon will be optimized to study the role of micro-crack initiation, propagation and accumulation mechanism in cortical bone.
Beteiligte
Dr.-Ing. Kevin Linka
Institute for Continuum and Material Mechanics
TUHH
Prof. Dr.-Ing. Christian J. Cyron
Institute for Continuum and Material Mechanics
TUHH
Dr. Mahan Qwamizadeh
Heisenberg Research Group & Bioengineering
Department of Osteology and Biomechanics (IOBM)
UKE
Dr. rer. nat. Felix N. Schmidt
Heisenberg Research Group & Bioengineering
Department of Osteology and Biomechanics (IOBM)
UKE
Prof. Dr. rer. medic. Björn Busse
Heisenberg Research Group & Bioengineering
Department of Osteology and Biomechanics (IOBM)
UKE
Publikationsliste
2021
- S. Latus, J. Sprenger, M. Neidhardt, J. Schadler, A. Ron, A. Fitzek, M. Schlüter, P. Breitfeld, A. Heinemann, K. Püschel, A. Schlaefer (2021). Rupture detection during needle insertion using complex OCT data and CNNs. IEEE Transactions on Biomedical Engineering. 68 (10), 3059-3067.
- M. Neidhardt, S. Gerlach, M.-H. Laves, S. Latus, C. Stapper, M. Gromniak, A. Schlaefer (2021). Collaborative robot assisted smart needle placement. Current Directions in Biomedical Engineering. 7. (2), 472-475
- S. Latus, P. Breitfeld, M. Neidhardt, W. Reip, C. Zöllner, A. Schlaefer (2020). Boundary prediction during epidural punctures based on OCT relative motion analysis. EUR J ANAESTH. 2020 (Volume 37 | e-Supplement 58 | June 2020)
- L. Bargsten, A. Schlaefer (2020). SpeckleGAN: a generative adversarial network with an adaptive speckle layer to augment limited training data for ultrasound image processing. International Journal of Computer Assisted Radiology and Surgery. 15 (9), 1427-1436.
Smart design of extracellular matrix scaffolds to evaluate immune cell migration and anti-tumoral function
Projekt 04FMTHH21
Smart design of extracellular matrix scaffolds to evaluate immune cell migration and anti-tumoral function
Ausgangssituation
Immune cell migration is a key step of the immune response, and its outcome depends on the efficient trafficking of leukocytes, such as dendritic cells (DCs) and T cells, which constantly patrol our body. Upon danger signal detection, leukocytes switch to a fast migration to reach the lymph nodes and start the T cell-mediated immune response. Importantly, the interaction with the microenvironment and other cells are main determinants of this migratory response, especially in pathological contexts, such as the tumor microenvironment where soluble molecules are released to impair proper immune cell function and migration. In addition, changes in the extracellular matrix, as those of the tumor microenvironment, trigger specific signaling pathways that impair proper immune cell migration and function. The Sáez lab investigates how different soluble factors control leukocyte migration by combining live-cell microscopy and microfluidics.
In order to decompose the contribution of the soluble factors released by the cancer cells of the tumor and the changes in the extracellular is necessary to develop physical and chemical methods to obtain matrices that mimick those found in the tumor microenvironment. The Sáez laboratory has therefore joined efforts with the Schroeter laboratory, which specializes in the synthesis of macro- and mesoporous matrices, so called “aerogels”, based on biopolymers. Since control and characterization of porous microstructures is crucial in the aerogel manufacturing process, combining the expertises of both laboratories provides a promising starting point for generation of extracellular matrices with the desired properties, their inclusion in microfluidic devices and therefore for determining the mechanisms of cell migration in tumor microenvironments.
Zielsetzung
The overall aim of this project is to develop extracellular matrices with controllable properties, to mimic the physical properties of the tumor microenvironment, and to study immune cell behavior on it in presence or absence of soluble molecules present in this context. Therefore we will develop a method to obtain biopolymer based gels for 3D cultures with specific particle sizes, pore structures and surface adhesivity.

Figure. Left, dendritic cell (orange) embedded in a collagen gel (blue). Nucleus is stained (green). Right, alginate gels under native state (top) or after surface modification (bottom), note the difference in the pore size.
Vorgehensweise
We will generate gels from different biopolymers to reproduce the main features of the extracellular matrices observed in the tumor microenvironment. Therefore, in a first step biopolymer hydrogels will be produced from different proteins and polysaccharides (e.g. cellulose and alginate) and included into microfluidic chips. The microstructural properties will be controlled via different gelation techniques (e.g. variation of pH, temperature, biopolymer- and salt contents). Some of the hydrogels will be processed to aerogels via solvent exchange and supercritical CO2 drying steps, which enables preservation and characterization of the gel structure in dry state. Main properties of the gels like pore size distributions and overall porosity will be characterized using scanning electron microscopy and gas porosimetry. After identification of the most suitable matrix for cell migration, further modifications to the gels properties will be employed (e.g. change of surface adhesivity, inclusion of small spheres) in order to optimize the gels properties to mimic tumor microenvironments.
Then, we will characterize the behavior of immune cells in physiological and pathological conditions, such as the tumor microenvironment, by using 3D cultures, live-cell microscopy and image analysis. In parallel, we will analyze the effect of the main soluble molecules present in the tumor microenvironment over immune cell migration and cytotoxic activity. If successful, our project will advance deciphering the contribution of the soluble components of the tumor microenvironment and consequent cell communication, and the role of the extracellular matrix in such interaction.
Beteiligte
Dr. Baldur Schroeter
Group Leader of Aerogel Group
Institute of Thermal Separation Processes
TUHH
Prof. Dr.-Ing. Irina Smirnova
Institut of Thermal Separation Processes
TUHH
Prof. Dr. Pablo J. Sáez
Head of the Cell Communication and Migration Laboratory
Institute of Biochemistry and Molecular Cell Biology
UKE
Prof. Dr. rer. nat. Dr. med. habil. Andreas Guse
Institute of Biochemistry and Molecular Cell Biology
UKE
Publikationsliste
Harcha PA, López-López T, Palacios AG, Sáez PJ.
Pannexin Channel Regulation of Cell Migration: Focus on Immune Cells.
Front Immunol. 2021 Dec 16;12:750480.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34975840/
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2021.750480/full
Alexander S. Zhovmer, Alexis Manning, Chynna Smith, Yashavantha L. Vishweshwaraiah, Jian Wang, Pablo J. Sáez, Xuefei Ma, Alexander X. Cartagena-Rivera, Rakesh K. Singh, Nikolay V. Dokholyan, Erdem D. Tabdanov
Septin-Mediated Mechanobiological Reprogramming of T Cell Transmigration and 3D Motility biorXiv. 2022 Jan 25 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.01.18.476840v3.full